PCA antes de UMAP

1. ¿Necesitas hacer PCA antes de UMAP??
2. ¿Por qué es UMAP después de PCA??
3. ¿Es UMAP lo mismo que PCA??
4. ¿Qué es mejor que UMAP?

¿Necesitas hacer PCA antes de UMAP??

Antes de hacer T-SNE o UMAP, las viñetas de Seurat recomiendan hacer PCA para realizar una reducción inicial en la dimensionalidad del conjunto de datos de entrada y al mismo tiempo preservar la mayor parte de la estructura de datos importante.

¿Por qué es UMAP después de PCA??

UMAP superó a T-SNE y PCA, si observamos la trama 2D y 3D, podemos ver mini clusters que se están separando bien. Es muy efectivo para visualizar grupos o grupos de puntos de datos y sus proximidades relativas.

¿Es UMAP lo mismo que PCA??

Si bien UMAP es claramente más lento que PCA, su rendimiento de escala es dramáticamente mejor que Multichoretsne, y para conjuntos de datos aún más grandes, la diferencia solo va a crecer. Esto concluye nuestra mirada a la escala por tamaño del conjunto de datos.

¿Qué es mejor que UMAP?

IVIS supera a UMAP al preservar la estructura global y debe considerarse para muchas aplicaciones de reducción de dimensionalidad.