UMAP RNA-seq

1. ¿Qué es UMAP en RNA SEQ??
2. ¿Para qué se usa UMAP??
3. Que es mejor umap o t-sne?
4. ¿Por qué UMAP es mejor que PCA??

¿Qué es UMAP en RNA SEQ??

La aproximación y proyección del colector uniforme (UMAP) es una técnica de reducción de dimensiones propuesta por McInnes et al. (2018) (ver documento asociado).

¿Para qué se usa UMAP??

UMAP es un algoritmo para la reducción de dimensiones basado en técnicas e ideas de aprendizaje múltiples del análisis de datos topológicos. Proporciona un marco muy general para abordar el aprendizaje múltiple y la reducción de la dimensión, pero también puede proporcionar realizaciones concretas específicas.

Que es mejor umap o t-sne?

Gracias a la solución en la construcción del gráfico de alta dimensión, UMAP teóricamente ahorra más tiempo y costo de cálculo que T-SNE. Se informa que la reducción de la dimensionalidad de un conjunto de datos de 784-D a 3-D tomó UMAP solo 3 minutos, mientras que tomó T-SNE 45!

¿Por qué UMAP es mejor que PCA??

UMAP superó a T-SNE y PCA, si observamos la trama 2D y 3D, podemos ver mini clusters que se están separando bien. Es muy efectivo para visualizar grupos o grupos de puntos de datos y sus proximidades relativas.