Eliminar la variación no deseada de los datos de secuenciación de ARN a gran escala con PRPS

1. ¿Cómo se normaliza los datos de expresión génica??
2. Qué ARN debe eliminarse de una muestra antes de realizar el SEQ de ARN?
3. ¿Cómo se normaliza RPKM??

¿Cómo se normaliza los datos de expresión génica??

La normalización se logra dividiendo los valores de expresión por la intensidad total (i.mi., la suma de todos los valores de expresión) de la matriz dada. Centralización¹¹ asume que la regulación se porta bien, yo.mi., La mayoría de los genes no están significativamente regulados o aproximadamente el mismo número de genes están regulados hacia arriba y hacia abajo.

Qué ARN debe eliminarse de una muestra antes de realizar el SEQ de ARN?

El ARN ribosómico (rRNA) es el componente más abundante del ARN total aislado de células y tejidos animales o humanos, que comprende la mayoría (>80% a 90%) de las moléculas en una muestra de ARN total⁷. Para permitir una transcripción eficiente/detección de genes, los ARNm altamente abundantes deben eliminarse del ARN total antes de la secuencia.

¿Cómo se normaliza RPKM??

Así es como lo haces para RPKM: cuente las lecturas totales en una muestra y divida ese número en 1,000,000: este es nuestro factor de escala "por millón". Divide los recuentos de lectura por el factor de escala "por millón". Esto se normaliza para la profundidad de secuenciación, dándole lecturas por millón (RPM)