Cómo cuantificar estadísticamente la cobertura de las características en los datos?

1. ¿Cómo se calcula la profundidad de la cobertura??
2. ¿Cómo se calcula la cobertura de secuencia??
3. ¿Cómo se calcula la cobertura promedio en bam??
4. ¿Cómo calcula SamTools la cobertura??

¿Cómo se calcula la profundidad de la cobertura??

La profundidad de cobertura de un genoma se calcula como el número de bases de todas las lecturas cortas que coinciden con un genoma dividido por la longitud de este genoma.

¿Cómo se calcula la cobertura de secuencia??

Podemos usar la cobertura como el número promedio de ocurrencias e y como el número exacto de veces que se secuencia una base, y luego calcular la probabilidad que sucedería: p (y = 3) = (6.33 × E-6.3)/3! = 0.077 Por supuesto, este es el valor de exactamente 3.

¿Cómo se calcula la cobertura promedio en bam??

Si desea obtener la cobertura promedio: Agregue el producto de bases por cobertura [2* 4+3* 28+4* 10+... ] y divide por el número total de bases [137928].

¿Cómo calcula SamTools la cobertura??

Esta aplicación calcula la profundidad en cada posición o región y produce un histograma o tabla de cobertura por cromosoma a partir de un archivo BAM de entrada. Los archivos de entrada BAM han sido ordenados por posición o nombre, de lo contrario dará un error. De lo contrario, la salida será una tabla.